RENUNGAN MEI 2011

Filosofi Akar

Akar tidak pernah bertanya : kapan akan menjadi daun hijau ?, kapan akan menjadi bunga yang indah dipandang ? kapan akan menjadi buah yang segar ? kapan ingin menjadi ini, itu atau apapun.... karena dia adalah tonggak utama sebuah pohon ...menyediakan materi yang diperlukan dari lingkungan untuk suatu aktifitas meski tak tampak di permukaan

Batang, bunga, daun, dan bagian pohon lainnya pada akhirnya akan sadar bahwa selama ini mereka ada atas kerja keras akar. Tanpa akar maka bagian pohon lainnya tidak akan dapat berdiri kokoh. Akar akan mati dengan bangga karena selama ini ia tidak menggantungkan dirinya kepada siapapun atau kepada pihak lain...

Lain halnya dengan filosofi hidup yang kebanyakan manusia menggunakannya... yaitu menggantungkan diri kepada orang lain, sangat dependent .......Dimana, ketika tidak ada bantuan maka yang ada hanyalah putus asa yang kemudian ' nglokro " kemudian berujung kepada “ kematian ” yang tidak diharapkan...

Selama hidup sebagian manusia hanya dapat menyusahkan orang lain, membuatnya repot bahkan tidak jarang membuatnya marah, seperti halnya orang tua yang selalu mendidik serta memperhatikan masa depan sang buah hati, namun siapa sangka ketika dewasa sang buah hati dengan tanpa beban meninggalkannya tanpa memikirkan jasa yang telah deberikan selama hidupnya. Maka, tidak heran bila ada pepatah yang mengatakan “ air susu dibalas dengan air tuba ”

Ingatlah kesalahan yang pernah kita buat, dan ingatlah kebaikan orang terhadap kita. Lupakanlah kesalahan orang lain kepada kita, dan lupakanlah kebaikan kita kepada orang lain... tetaplah berbuat kebaikan tanpa memikirkan balasan apa yang akan di dapat meski semua orang dapat melihat kebaikan kita. Karena di balik semua itu ada rencana Tuhan yang tidak kita ketahui....
Jadilah seperti akar setia untuk organ lainnya , dibelakang layar , namun ia tetep biasa saja

REPRODUKSI BAKTERI

Bakteri umumnya melakukan reproduksi atau berkembang biak secara aseksual (vegetatif = tak kawin) dengan membelah diri ( Amitosis), namun juga sering terjadi pula penyatuan materi gen secara parasexual

• Pembelahan sel pada bakteri adalah pembelahan biner yaitu setiap sel membelah menjadi dua.
• Pembelahan ini juga sering disebut pembelahan Amitosis .
• Apa maksudnya ? Pembelahan yang tidak melalui fase fase seperti mitosis ( A) jadi sel membelah langsung menjadi dua , Tidak ada Profase , Metafase , Anafase maupun Telofase OK

Reproduksi bakteri secara seksual yaitu dengan pertukaran materi genetik dengan bakteri lainnya.

Pertukaran materi genetik disebut rekombinasi genetik atau rekombinasi DNA, setelah sukses mereka tetap memperbanyaknya dengan membelah diri sevara biner / Amitosis
Rekombinasi genetik dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu:

1. Transformasi adalah pemindahan sedikit materi genetik, bahkan satu gen saja dari satu sel bakteri ke sel bakteri yang lainnya.
2. Transduksi adalah pemindahan materi genetik satu sel bakteri ke sel bakteri lainnnya dengan perantaraan organisme yang lain yaitu bakteriofage (virus bakteri)
3. Konjugasi adalah pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

Dalam pemahaman ini kalau kita Format otak kita Bakteri membelah secara sexual menjadi dua yaitu

1. Kawin jarak dekat ( berarti ke dua bakteri berdekatan bertukar materi genetik/Konjugasi)
2. Kawin jarak jauh ( berarti perlu perantara : Transduksi dan Transformasi

DETAIL

• Bakteri memiliki kekurangan unsur-unsur yang mengacu pada stuktur komplek yang terlibat dalam pemisahan kromsom-kromosom eukariota menjadi nukleid anak yang berbeda.
• Replikasi dari DNA bakteri dimulai pada satu titik dan bergerak ke semua arah.
• Dalam prosesnya, dua pita lama DNA terpisah dan digunakan sebagai model untuk mensistensiskan pita-pita baru (replikasi semikonservatif).
• Strukur dimana dua pita terpisah dan sintesis baru terjadi disebut sebagai percabangan replikasi.
• Replikasi kromosom bakteri sangat terkontrol, dan kromosom tiap sel yang tumbuh berkisar antara satu dan empat.
• Beberapa plasmida bakteri bias memiliki sampai 30 tiruan dalam satu sel bakteri
• Dan mutasi yang menyebabkan control bebas dari relikasi plasmida bahkan bias menghasilkan tirun yang lebih banyak.

• Replikasi pita DNA ganda sirkular dimuli pada locus ori dan membuuhkan interaksi dengan beberapa protein.
• Dalam E coli, replikasi kromosom berakhir pada suatu tempat yang disebut “ter“.
• Dua kromosom anak terpisah, atau terpecah sebelum pembagian sel, sehingga tiap-tiap keturunan memiliki satu DNA anak.
• Hal ini dapat disempurnakan dengan bantuan topoisomerase atau melakukan pengkombinasian.
• Proses serupa yang mengacu pada replikasi DNA plasmida, kecuali pada beberpa kasus, replikasinya adalah tidak terarah.

Rekombinasi Gen pada Bakteri

• Rekombinasi gen ialah pembentukan suatu genotip baru melalui pemilihan kembali gen-gen setelah terjadinya pertukaran bahan genetis antara dua kromosom yang berbeda mempunyai gen-gen serupa pada situssitus yang bersangkutan
• Rekombinasi bisa dibentuk dengan secara generatif yang dikenal dengan istilah ( Parasexual) meliputi 3 cara yaitu

1. Konjugasi
2. Transformasi
3. Transduksi

Konjugasi

• Konjugasi ialah pemindahan gen antara sel-sel yang kontak satu dengan yang lain secara fisik.
• Konjugasi bakteri pertama kali dipertunjukkan o!eh Lederbeng dan Tatuni pada tahun 1946.
• Mereka menggabungkan dua galur mutan Eschericihia Coli yang berbeda yang tidak mampu mensintesis satuatau lebih faktor tumbuh esensiil dan memberinya kesempatan untuk kawin.
• Kemudian mereka mencawankan biakan campuran tersebut pada medium minimal yang hanya menunjang pertumbuhan galur-galur tipe liar.
• Ketika mereka menemukan koloni-kotoni tipe liar, mereka tahu bahwa mestinya koloni-koloni tersebut merupakan hasil rekombinasi genetik melalui kunjugasi antara galur-galur mutan.
• Konjugasi pada bakteri dapat dipahami dengan lebih jelas ketika ditemukan bahwa ada diferensiasi seksual pada E.coli, dengan perkataan lain, ada tipe-tipe perkawinan yang berbeda-beda pada bakteri tersebut

Transformasi

• Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel atau “bugil” yang mengandung sejumlah terbatas informasi DNA dari satu sel ke sel yang lain.
• DNA tersebut diperoleh dari sel donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi. Begitu DNA diambil oleh sel resipien, maka terjadilah rekombinasi.
• Bakteri yang telah mewarisi penanda dan sel donor tersebut telah tetransformasi, bakteri-bakteri tertentu,
• Bila ditumbuhkan dengan diberi sel- sel mati, filtrat biakan, atau ekstrak sesuatu galur yang berkerabat dekat, maka akan memperoleh dan lalu memindah sebarkan ciri-ciri dari galur yang sekerabat tersebut. OK

Transduksi

• Di samping melalui konjugasi dan transformasi, mikroorganisme juga dapat melakukan rekombinasi gen dengan cara transduksi.
• Transduksi ialah proses pemindahan gen dari satu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofaga.
• Beberapa bakteriofaga tenang (yang mempunyai siklustemperate), yang biasanya tidak melisis sel inang, membawa DNA yang dapat berperilaku sebagai episom di dalam bakteri.

PENGAYAAN

• Untuk mempertahankan hidupnya organisme berkembang-biak dengan cara kawin ataupun dengan cara tidak kawin.
• Kawin merupakan cara pembiakan utama pada organisme tingkat tinggi.
• Pada organisme tingkat rendah, cara tidak kawin merupakan strategi utamanya.
• Nampaknya, arah perubahan evolutif bergerak dari strategi tidak kawin menjadi strategi kawin [mengapa?].
• Baik cara kawin atau tidak kawin, prinsipnya adalah menghasilkan turunan berikutnya yang sama atau sedikit sama.
• Jadi, setiap organisme yang berbiak harus memiliki sifat dan kemampuan meng-kopy dirinya sendiri menjadi copy lainnya yang serupa.

• Sel adalah unit dasar hidup.
• Semua organisme hidup tersusun dari unit sel tunggal atau sel banyak.
• Untuk mempertahankan hidupnya, sel memperbanyak dirinya dari satu generasi ke generasi lain dengan cara meng-copy dirinya dari satu menjadi dua, dari dua menjadi empat, dan seterusnya.
• Bukan saja soal jumlah sel yang berlipat-ganda, volume sel pun meningkat linier searah dengan peningkatan jumlah sel.

• Karena komposisi dan jumlah zat-zat penyusun sel tunggal dari satu generasi ke generasi selanjutnya relatif tetap, maka terjadi peningkatan biomasa secara linier sesuai dengan jumlah sel.
• Artinya bahwa seiring dengan peningkatan jumlah sel, berlangsung biosintesis senyawa-senyawa penyusun tubuh sel terutama

1. karbohidrat
2. protein
3. asam-asam nukleat dan
4. lemak.

• Mereka adalah bahan baku penyusun tubuh sel seperti dinding sel, membrane, cairan sel, dan organela; atau menjadi mesin-mesin fungsional bekerjanya aspek-aspek fisiologis sel seperti enzim, penghantaran dan alih-ragam signal (signal transduction), sistem kekebalan tubuh, atau cadangan energi kimia.

• Keempat golongan senyawa penyusun utama tubuh sel diatas itu disintesis dari senyawa-senyawa antara seperti

1. asam amino
2. nukleotida
3. gula
4. asam lemak maupun gliserol

• Senyawa-senyawa antara ini disintesis dari unsur-unsur yang jauh lebih sederhana lagi seperti glukosa, amonia, dan garam-garam anorganik.
• Dalam hal ini, glukosa disintesis langsung oleh organisme berklorofil, melalui proses fotokimia dan biokimia fiksasi CO₂ dan konversi energi radiasi matahari ke dalam ikatan-ikatan kimia karbon glukosa.
• Organisme yang tidak berklorofil bergantung penyediaan energi dan senyawa karbon dari organisme berklorofil.

• Pertanyaannya ialah, “apa kiranya yang menyebabkan sel dan organisme mampu memperbanyak dirinya sendiri dan mewariskan semua informasi genetis yang terkandung kepada sel turunannya?”
• Teori kromosom tentang pewarisan informasi menerangkan bahwa selama proses mitosis satu sel membela menjadi dua sel. Namun sebelum pembelahan sel berlangsung, jumlah kromosomnya berlipat-ganda.
• Pada sel manusia dari 46 menjadi 92 sebelum kemudian dipilah menjadi masing-masing 46 untuk sel-sel turunannya.
• Dalam pembelahan meiosis, satu sel diploid menggandakan bahan genetiknya sekali namun diikuti oleh pembelahan sel dua kali.
• Sehingga, satu sel diploid menghasilkan empat sel haploid. Setiap sel memiliki jumlah kromosom separuh dari jumlah kromosom sel induknya.

• Dengan membandingkan jumlah DNA pada sel-sel diploid dan sel-sel haploid diperoleh data bahwa jumlah DNA pada sel-sel diploid memiliki jumlah DNA dua kali-lipat.
• Seandainya satu sel diploid memiliki 9 pg (pico gram; 10^-12 g) DNA maka sel haploid memiliki 4.5 pg DNA.
• Dalam hal ini, jumlah kelipatan DNA selaras dengan jumlah kelipatan kromosom.
• Dengan demikian, setiap sekali pembelahan sel mitosis jumlah DNA-nya pun bertambah dua dua kali.

1. Visualisasi replikasi DNA berselaras dengan replikasi kromosom selama proses pembelahan sel mitosis didemonstrasikan oleh Herber Taylor (1958).
2. Ia memberi makan tanaman keluarga lili dengan thimin radioaktif, setelah sel-selnya membelah.
3. Tanaman-tanaman tersebut kemudian dipindahkan ke dalam media tanpa radioisotop.
4. Preparat kromosom yang berasal baik sebelum, selama dan setelah perlakuan isotop disiapkan dipermukaan slide kaca, dan disingkap kepermukaan film fotograf.

• Hasilnya bahwa sebelum kromosom itu diperlakukan dengan isotop thimin, kromosomnya tidak menghasilkan "pengenal" dalam kromosom berupa warna "hitam hangus" di permukaan film.
• Kromosom yang langsung dipersiapkan dari perlakuan thimin menghasilkan "pengenal" pada kedua pasang kromosom dipermukaan film.
• Menariknya, kromosom yang dipersiapkan dari tanaman yang telah dipindahkan ke media tanpa thimin isotop yang sebelumnya diperlakukan dengan radioisotop, terdapat kromosom yang satu dari pasangannya tidak ditemui pengenal (kecuali di daerah pindah-silang).
• Eksperimen ini membuktikan bahwa Sintesis DNA berselaras dengan replikasi DNA dan bersifat linear terhadap struktur kromosom, dan terjadi sekali untuk setiap kali pembelahan sel.

• Sifat memperbanyak diri secara vegetatif demikian tidak hanya dimiliki oleh bahan genetik dalam kromosom. DNA sirkuler yang disebut plasmid atau DNA batangan pada virus berkemampuan memperbanyak diri dengan cara mengkopi molekul DNA tunggal menjadi sepasang ikatan DNA ganda.
• Proses mengkopi diri sendiri dari polimer DNA menjadi jiplakan-jiplakan DNA identik disebut replikasi DNA.

REPLIKASI DNA

•  Selang beberapa saat setelah publikasi Crick dan Watson mengenai struktur rantai ganda DNA, mereka kemudian mengemukakan implikasi struktur rantai ganda ini kepada mekanisme cetak-kopi informasi.
• Baik penelitian E. Chargaff dan Herbert Taylor membuktikan bahwa DNA bereplikasi semikoservatif.
• Artinya bahwa dalam sintesis DNA, dengan bahan awal DNA yang mampu memperbanyak diri, replicon, seperti plasmids dan kromosom, setiap rantai tunggal DNA berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis rantai DNA baru pasangannya.

• Pertanyaannya ialah, “bagaimana mekanisme biosintesis DNA sesungguhnya terjadi di dalam sel?” Arthur Kornberg menjawab pertanyaan ini dengan mendekatinya melalui pendekatan ensimatik.
• Ia berpendapat: "replikasi rantai nukleotida pasti dikatalisis oleh suatu enzim".
• Atas dasar pandangan tersebut, ia berusaha mengisolasi enzim yang bertanggungjawab pada biosintesis DNA dan mempelajari mekanisme aksi ensimnya.

• Ia membuat ekstrak protein dari bakteri E. coli dan menambahkannya ke dalam suatu campuran reaksi dengan sejumlah komponen berikut: deoksinukleosida trifosfat dimana atom P dan C-nya menggunakan 32P atau 14C dan deoksinukleosidanya mengandung keempat basa nitrogen A, T, G, C; Mg++, serta DNA sebagai cetakan.
• Dengan campuran ini dalam tabung reaksi, diharapkan akan terbentuk polinukleotida dengan berat molekul yang lebih tinggi.

• Usahanya berhasil, dan bukti-bukti menunjukkan bahwa bahwa polimerisasi dimaksud menunjuk kepada biosintesis DNA. Ia mendemonstrasikan bahwa polimerisasi DNA hanya dapat berhasil jika keempat deoksinukleosida trifosfat dan cetakan ada dalam komponen reaksi.
• Selanjutnya, dengan adanya alat uji (bioassay) aktifitas enzim yang mensintesis DNA, memungkinkan diisolasinya enzim yang bertanggung-jawab pada reaksi tersebut.
• Kornberg menamai enzim tersebut DNA polimerase.

• Reaksi kimia yang dipercepat oleh DNA polimerase adalah mensintesis polinukleotida sambil melepaskan satu molekul pirofosfat (P-P) untuk setiap penambahan satu nukleosida trifosfat ke dalam rantai baru.
• Bukti yang paling kuat mendukung bahwa reaksi in vitro dipercepat oleh DNA polimerase bukan sekedar polimerisasi acak nukleotida, tetapi terlibat dalam replikasi DNA, adalah bahwa DNA cetakan yang ditambahkan ke dalam campuran reaksi tidak hanya diperlukan agar polimerisasi berlangsung, tetapi juga sebenarnya menentukan ciri dari polinukleotida yang di bentuk.

• Melalui analisis komposisi basa nukleotida yang terbentuk setelah reaksi enzimatis dari berbagai macam DNA cetakan, Arthur Kornberg berhasil menunjukan bahwa DNA yang disintesis mengikuti ciri komposisi basa cetakan DNA-nya.
• Penelitian lanjut membuktikan bahwa DNA cetakan mengarahkan tidak hanya komposisi keseluruhan basa yang terbentuk, tetapi frekuensi relatif dari basa-basa yang terbentuk.

• Berdasarkan studi sintesis DNA secara in vitro, dapat dikatakan bahwa DNA bertindak langsung sebagai cetakan dalam proses kopolimerisasi teratur replika-replika yang terbentuk tanpa membutuhkan sintesis senyawa antara bukan DNA.
• Dalam perkembangan studi biokimia, kemudian dapat dirancang bangunan yang lebih detil replikasi DNA, serta berbagai enzim yang terlibat.

Mekanisme pembelahan sel

• Pertanyaan lanjut ialah, bagaimana sesungguhnya sel menggandakan DNA nya sendiri dan kemudian mendistribusikannya secara meraka kepada sel turunannya secara sama?
• Untuk menjawab pertanyaan tersebut, sel berhadapan dengan persoalan koordinasi antar bagian dan proses, yaitu bahwa karena replikasi DNA hanya berlangsung sekali untuk setiap sekali pembelahan sel, replikasi DNA harus terpadu dengan pembelahan sel.
• Replikasi DNA harus mendahului pembelahan sel agar sebelum pembelahan sel berlangsung, telah tersedia bahan genetik untuk diagihkan kepada masing-masing sel turunan.

• Untuk menjawab pertanyaan tersebut, maka replikasi DNA merupakan bagian keseluruhan dari pembelahan sel, dan merupakan proses awal bagi sel berkomitmen meneruskan proses pembelahan sel.
• Sekali pembelahan sel diawali ia tidak bisa kembali lagi ketahap semula, dan harus menyelesaikan proses sintesis DNA sebelum pembelahan sel berlangsung.
• Pembelahan sel tidak boleh terjadi jika replikasi DNA belum selesai.
• Di dalam kenyataannya, selesainya proses replikasi merupakan pemicu bagi terjadinya pembelahan sel.
• Jika aturan ini dilanggar, maka transmisi informasi akan mengalami kegalauan.

• Pada prokarion, replikasi DNA berawal di suatu tempat yang amung yang disebut daerah “pengawalan” (origin).
• Sebaliknya pada eukarion, replikasi DNA dimulai di awal fase S, yaitu fase yang memiliki periode yang panjang dalam pembelahan sel, yang dalam periode tersebut sintesis DNA berlangsung, bahkan berlangsung di banyak titik-titik pengawalan di dalam

SOAL
 

"Dalam 1 liter kultur bakteri pada medium pengaya terdapat 16.000 bakteri. Fase lag 1 jam, pergantian generasi 20 menit. Berapa jumlah bakteri awal 2 jam sebelumnya ?"

A. 1000/liter

B. 2000/liter

C. 4000/liter

D. 6000/liter

E. 8000/liter

JAWAB  B

rumusnya gini :

jumlah bakteri mula" x 2 pangkat n = jmlh bakteri sekarang

*n = jumlah regenerasi yg terjadi

jmlh bakteri mula" x 2 pangkat 3 = 16.000

jmlh bakteri mula" x 8 = 16.000

jmlh bakteri mula" = 16.000/8

jmlh bakteri mula" = 2000

 
Amitosis 

• Sel merupakan unit dasar kehidupan. Berdasarkan atas pengorganisasiannya, sel dapat

dibedakan atas prokariot dan eukariot. Bahan genetika prokariot berupa satu molekul

DNA yang terdapat didalam sitoplasma. Sedangkan sel eukariot bahan genetikanya

terbungkus oleh suatu membran nukleus. Proses pewarisan sifat yang berhubungan

dengan siklus sel pada prokariot berbeda dengan eukariot. Pada sel prokariot tidak

mengalami mitosis maupun meiosis, melainkan melalui proses yang disebut pembelahan

biner.

• Pembelahan biner bakteri dimulai dengan menempelnya bahan genetik pada salah satu

sisi membran dari sel dewasa, kemudian diikuti dengan proses sintesis DNA dan

replikasi. Setelah proses replikasi selesai maka salah satu sisi dari membran akan

membuat lekukan dan akhirnya diikuti dengan proses pemanjangan sel dan pembelahan

sel menjadi dua bagian yang memiliki bahan genetika yang sama (Campbell et al. 1999).

Selain pada bakteri, pembelahan biner juga dijumpai pada organisme eukariot, yaitu pada

Protozoa. 

• Pada beberapa protozoa, benang-benang spindle terdapat di dalam inti, tidak

dijumpai adanya sentriol (Harris 1996). Pembelahan biner dijumpai pada Protozoa,

seperti Euglena sp. (Flagellata), Paramaecium sp. (Ciliata), dan Arcella sp.(Sarcodina).

Paramaecium sp. memiliki dua macam inti, yaitu makronukleus dan mikronukleus.

Makronukleus berhubungan dengan metabolisme, perkembangan, dan karakter fisik sel.

Sedangkan mikronukleus berperan dalam transmisi informasi genetik selama pembelahan

(Harris 1996). 

• Seiring dengan penggentingan sel yang akan membelah, makronukleus

memanjang dan mengalami penggentingan sedangkan mikronukleus membelah melalui

mitosis. Pada akhirnya, terjadi pembelahan sitoplasma dan terbentuklah dua individu.

Perbedaan bakteri Gram + dan Gram -