ENZIM DENGAN BEHAVIORALNYA

·         Enzim adalah biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia.

·         Hampir semua enzim merupakan protein yaitu rantai asam amino yang melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-sifat kimiawi yang khas.

• Secara kimia, enzim yang lengkap (holoenzim) tersusun atas dua bagian, yaitu bagian protein dan bagian yang bukan protein. Bagian protein disebut apoenzim,bersifat labil (mudah berubah), misalnya terpengaruh oleh suhu dan keasaman. Bagian yang bukan protein disebut gugus prostetik(aktif), terdiri atas kofaktor atau koenzim. Kofaktor berasal dari molekul anorganik, yaitu logam, misalnya besi, tembaga, dan seng. Sedangkan koenzim merupakan gugus prostetik terdiri atas senyawa organik kompleks, misalnya NADH, FADH, koenzim A, dan vitamin B.

Ciri-Ciri Enzim

• Enzim adalah protein yang berperan sebagai katalis dalam metabolisme makhluk hidup.
• Enzim berperan untuk mempercepat reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh makhluk hidup, tetapi enzim itu sendiri tidak ikut bereaksi.
• Enzim adalah katalis hayati.
• Enzim adalah senyawa organik yang dihasilkan oleh sel-sel hidup.
• Katalis juga menampakkan spesifisitas atau kekhususan. Artinya, suatu katalis tertentu akan berfungsi pada hanya suatu jenis reaksi tertentu saja.
• Enzim dihasilkan didalam sel,
• Beberapa disekresikan melalui dinding sel dan dapat berfungsi diluar sel.
• Jadi ada 2 tipe enzim yaitu enzim ekstraselular atau eksoenzim(berfungsi diluar sel)
• Enzim intraselular atau endoenzim berfungsi dalam sel misalnya lisosom yang penuh enzim lisozim menghancurkan atau menguraikan secara hidrolitik kuman yang dimasukkan ke sel  
• Enzim ekstraselluler / eksoenzim adalah melagsungkan perubaha-perubahan seperlunya pada nutrien disekitarnya sehingga memungkinkan nutrien tersebut bisa diserap dan memasuki sel.

·         Jadi enzim intraselular mensintesis bahan selular dan menguraikan nutrien untuk menyediakan energi yang dibutuhkan oleh sel.

Sebagai katalis dalam reaksi-reaksi di dalam tubuh organisme, enzim memiliki beberapa sifat, yaitu:

1. Enzim adalah protein, karenanya enzim bersifat thermolabil, membutuhkan pH dan suhu yang tepat.
2. Enzim bekerja secara spesifik, dimana satu enzim hanya bekerja pada satu substrat.
3. Enzim berfungsi sebagai katalis, yaitu mempercepat terjadinya reaksi kimia tanpa mengubah kesetimbangan reaksi.
4. Enzim dapat dipakai berulang ulang / berulang kali
5. Enzim hanya diperlukan dalam jumlah sedikit.
6. Enzim dapat bekerja secara bolak-balik.
7. Kerja enzim dipengaruhi oleh lingkungan, seperti oleh suhu, pH, konsentrasi, dan lain-lain.

Penjelasan :
1.  Enzim tersusun secara khusus oleh senyawa Protein

Sebagian besar enzim (kecuali ribozime), adalah protein. Dengan demikian sifat-sifat yang dimilikinya sama dengan sifat sifat protein, yaitu: menggumpal pada suhu tinggi dan terpengaruh oleh pH

2. Enzim Bekerja secara specifik atau khas / khusus

Enzim tertentu hanya dapat mempengaruhi reaksi tertentu, dan tidak dapat mempengaruhi reaksi lainnya. Sebagai contoh: di dalam usus rayap terdapat protozoa yang menghasilkan enzim

selulase sehingga rayap dapat hidup dengan makan kayu karena dapt mencerna selulosa (salah satu jenis karbohidrat /polisaka rida). Sebaliknya manusia tidak dapat mencerna kayu, meskipun mempunyai enzim amilase, yaitu enzim yang dapat mencerna amilum/pati (yang juga merupakan jenis polisakarida). Enzim amilase dan selulase masing-masing bekerja secara khusus.

3.Katalisatoradalah zat yang dapat mempercepat reaksi tetapi zat tersebut tidak ikut bereaksi.

Dalam sel makhluk hidup, reaksi- reaksi kimia dapat berlangsung dengan cepat karena adanya katalisatorhidup atau biokatalisator, yaitu : enzim.

Enzim  merupakan  pengatur  suatu  reaksi.  Berikut  ini  adalah contoh reaksi yang diatur oleh enzim. 

Contohnya: 

Bahan tempat enzim bekerja disebut substrat.

Dalam contoh reaksi di atas substratnya adalah maltosa. 

Bahan baru atau materi yang dibentuk sebagai hasil reaksi disebut produk. 

Dalam contoh reaksi di atas hanya ada 1 produk yaitu glukosa. Enzim yang  mengkatalisis adalah maltase.

Reaksi tersebut dapat berlangsung ke arah sebaliknya. 

Dengan kata lain reaksinya dua arah (reversible), maltosa dapat berubah menjadi glukosa dan glukosa dapat berubah menjadi maltosa. Enzim yang bekerja di kedua reaksi adalah maltase. 

Jika terdapat maltosa lebih banyak daripada glukosa, reaksi berlangsung dari kiri ke kanan. Sebaliknya, jika glukosa terdapat lebih banyak daripada maltosa, maka reaksi berlangsung dari kanan ke kiri.

4. Enzim dapat digunakan berulang kali

Enzim dapat digunakan berulang kali karena enzim tidak berubah pada saat terjadi reaksi. Meskipun dalam jumlah sedikit, adanya enzim dalam suatu reaksi yang dikatalisirnya akan mempercepat reaksi, karena enzim yang telah bekerja dalam reaksi tersebut  dapat digunakan kembali.

5. Enzim diperlukan dalam jumlah sedikit Oleh karena enzim berfungsi sebagai mempercepat reaksi, tetapitidak ikut bereaksi, maka jumlah yang dipakai sebagai katalis tidak perlu banyak. Satu molekul enzim dapat bekerja berkali-kali, selama molekul tersebut tidak rusak.
6. Umumnya enzim dapat bekerja secara bolak-balik. Artinya, suatu enzim dapat bekerja menguraikan suatu senyawa menjadi senyawa-senyawa lain, dan sebaliknya dapat pula bekerja menyusun senyawa-senyawa itu menjadi senyawa semula. 
Pada tumbuhan, proses fotosintesis menghasilkan glukosa. Apabila glukosa yang dihasilkan dalam jumlah banyak, maka glukosa tersebut diubah dan disimpan dalam bentuk pati. 
Pada saat diperlukan, misalnya untuk pertumbuhan, pati yang disimpan sebagai cadangan makanan tersebut diubah kembali menjadi glukosa.

7. Enzim Rusak oleh panas

Enzim adalah suatu protein yang dapat rusak oleh panas disebut denaturasi. Kebanyakan enzim rusak pada suhu di atas 50°C. Reaksi kimia akan meningkat dua kali lipat dengan kenaikan suhu sebesar 10^oC. Kenaikan suhu di atas suhu 50°C tidak dapat meningkatkan reaksi yang dikatalisir oleh enzim, tetapi justru menurunkan atau menghentikan reaksi tersebut. Hal ini disebabkan enzimnya rusak sehingga enzim tersebut tidak dapat bekerja. Demikian juga apabila kita memesan enzim-enzim dari luar negeri, biasanya dikirim dalam pengepakan khusus dalam es kering agar tidak rusak dalam perjalanan, dan enzim tersebut disimpan dalam lemari es. Suhu rendah tidak merusak enzim

tetapi hanya menonaktifkannya saja.

Sifat-Sifat Kimiawi dan Fisik Enzim

• Enzim akan terdenaturasikan oleh panas,
• Enzim terendapkan oleh etanol atau garam berkonsentrasi tinggi
• Enzim tidak dapat melewati membran semipermeabel.
  
  
• Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai aktivitas penuhnya Jadi hanya berupa protein saja cukup : Apoenzim .
• Namun beberapa memerlukan molekul non-protein yang disebut kofaktor
• Kofaktor untuk berikatan dengan enzim sehingga Enzim tersebut menjadi aktif.
• Kofaktor dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organik (contohnya flavin dan heme).
• Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan kuat  ataupun Kofaktor yang berupa koenzim , yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa reaksi.
• Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein.
• Apoenzim beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim (bentuk aktif).
• Kebanyakan kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat dengan kuat. Namun, gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase).
• Istilah holoenzim juga dapat digunakan untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda, seperti DNA polimerase.
• Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks lengkap yang mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif.
• Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.

Koenzim

• Model pengisian ruang koenzim NADH
• Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya.
• Contoh koenzim mencakup NADH, NADPH dan adenosina trifosfat.
• Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+, gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina.
• Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah berupa vitamin.
• Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim
• Dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH.
• Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel.
• Contohnya, NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

Apoenzim

• Apoenzim  (tidak aktif) + koenzim (tidak aktif )→ holoenzim (aktif)
• Protein molekul organik
• Berat molekul tinggi berat molekul rendah
• Tak terdialisis terdialisis

Ada 2 ciri yang amat menyolok mengenai enzim

1. Efisiensi katalitiknya yang tinggi
2. Derajat kekhususannya yang tinggi terhadap substrat.

Penamaan dan Klasifikasi Enzim

·         Tata nama enzim telah diresmikan menurut persetujuan internasional dengan bantuan ”Comission on Enzymes of the International Union of Biochemistry”.

·         Untuk menamakan enzim digunakan akhiran –ase dan ini hanya digunakan untuk enzin tunggal.

·         Untuk penamaan suatu kompleks digunakan kata system.

·         Bagi setiap enzim dianjurkan memiliki 2 nama

1. Nama biasa
2. Nama sistematiknya

 

Penamaan enzim

Enzim diberi nama sesuai dengan substratnya, diberikan akhiran ase.misalnya

1. Enzim selulase,adalah enzim yang dapat menguraikan selulosa.
2. Enzim lipase,menguraikan lipid atau lemak.
3. Enzim protease, menguraikan protein.
4. Enzim karbohidrase, menguraikan karbohidrat.

Karbohidrase  merupakan  suatu  kelompok  enzim.   

Termasuk  di dalamnya  amilase, menguraikan amilum menjadi maltosa dan maltase, menguraikan maltosa menjadi glukosa.

Ada  dua  cara  penamaan  enzim,  yaitu  secara  sistematis (berdasarkan atas reaksi yang terjadi) dan trivial (nama singkat).

Contohnya:

Dengan berkembangnya ilmu genetika dan dilakukannya berbagai percobaan di bidang ini, dapat dibuktikan bahwa pembentukan enzim  atau kelompok enzim diatur oleh gen atau kelompok gen dalam kromosom. George Beadledan Edward Tatummendapat hadiah nobel pada tahun 1958 atas jasa mereka menemukan gen pengendali sintesis protein dan enzim yang disimpulkan dalam suatu teori “one gene, one enzyme”.

Enzim dibagi dalam enam golongan besar:

1. Oksidoreduktase : mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi
   Enzim golongan ini dibagi dalanm 2 bagian ; dehidrogenase dan oksidase.
2. Transferase : mentransfer gugus fungsi
   Enzim golongan ini bekerja sebagai katalis pada reaksi pemindahan suatu gugus dari satu senyawa ke senyawa lain. Contohnya yaitu metiltransferase,karboksiltransferase
3. Hidrolase ; mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan
   Enzim ini bekerja sebagai katalis pada reaksi hidrolisis. Ada 3 jenis hidrolase,yaitu yaqng memecah ikatan diester,memecah glikosida,dan yang memecah ikatan peptida. Contoh enzimnya adalah
4. Liase:memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis dan oksidasi
   Enzim ini mempunyai peranan penting dalam reaksi pemisahan suatu gugus dari suatu substrat atau sebaliknya.Contohnya dekarboksilase,aldolase,dan hidratase
5.  Isomerase : mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal
   Enzimyang bekerja pada reaksi perubahan intramolekuler. Contoh perubahan glukosa menjadi fruktosa
6.  Ligase : menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen
   Enzim ini bekerja pada penggabungan 2 molekul. Enzim ini dinamakan juga enzim sintetase. Contohnya adalah enzim glutamin sintetase.

Sifat dan Mekanisme Kerja Enzim

• Reaksi enzim dapat dinyatakan dengan persamaan reaksi secara keseluruhan:
  Enzim E + substrat S ↔ kompleks enzim – substrat ES ↔ produyk P + enzim E

• Yang menjadi pokok dalam teori mekanisme kerja enzim adalah konsep aktivasi substrat yang terjadi setelah pembentukan kompleks enzim substrat(ES).
• Terjadinya aktivasi molekul substrat ini disebabkan oleh afinitas kimiawi substrat yang tinggi terhadap daerah tertentu pada permukaan enzim yang disebut situs aktif.
• Distorsi pada beberapa ikatan dapat menyebabkan enzim labil dan mengalami perubahan.
• Molekul yang mengalami perubahan ditentukan oleh enzim yang bersangkutan sehingga tidak lagi mempunyai afinitas terhadap situs aktif dan karenanya dilepaskan.
•  Enzim kemudian bebas berikatan dengan substrat berikutnya.

Enzim bekerja dalam 2 cara:

1. Model "kunci dan gembok" Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi. Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima.
2. Model ketepatan induksi Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat. Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif.Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara:

1. Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim.)
2. Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi.
3. Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat antara.
4.  Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar,dan kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.
   Fungsi utama suatu enzim adalah mengurangi hambatan energi aktivasi pada suatu reaksi kimia. Energi aktivasi adalah jumlah energi yang dibutuhkan untuk membawa suatu substansi ke status reaktifnya.

Kondisi yang Mempengaruhi Kerja Enzim
Faktor-faktor yang dapat mempengaruhi kerja enzim diantaranya adalah sebagai berikut.

1. Suhu
   Enzim tidak dapat bekerja secara optimal apabila suhu lingkungan terlalu rendah atau terlalu tinggi. Jika suhu lingkungan mencapai 0° C atau lebih rendah lagi, enzim tidak aktif. Jika suhu lingkungan mencapai 40° C atau lebih, enzim akan mengalami denaturasi (rusak). Suhu optimal enzim bagi masing-masing organisme berbeda-beda. Untuk hewan berdarah dingin, suhu optimal enzim adalah 25° C, sementara suhu optimal hewan berdarah panas, termasuk manusia, adalah 37° C.
2. pH (Tingkat Keasaman)
   Setiap enzim mempunyai pH optimal masing-masing, sesuai dengan "tempat kerja"-nya. Misalnya enzim pepsin, karena bekerja di lambung yang bersuasana asam, memiliki pH optimal 2. Contoh lain, enzim ptialin, karena bekerja di mulut yang bersuasana basa, memiliki pH optimal 7,5-8.
3. Aktivator dan Inhibitor
   Aktivator adalah zat yang dapat mengaktifkan dan menggiatkan kerja enzim. Contohnya ion klorida, yang dapat mengaktifkan enzim amilase.
   Inhibitor adalah zat yang dapat menghambat kerja enzim. Berdasarkan cara kerjanya, inhibitor terbagi dua : Inhibitor kompetitif dan inhibitor nonkompetitif. Inhibitor kompetitif adalah inhibitor yang bersaing aktif dengan substrat untuk mendapatkan situs aktif enzim, contohnya sianida bersaing dengan oksigen dalam pengikatan Hb. Sementara itu, inhibitor nonkompetitif adalah inhibitor yang melekat pada sisi lain selain situs aktif pada enzim, yang lama kelamaan dapat mengubah sisi aktif enzim.
4. Konsentrasi enzim dan substrat  

Konsentrasi enzim dan substrat 

• Semakin tinggi konsentrasi enzim akan semakin mempercepat terjadinya reaksi. Dan konsentrasi enzim berbanding lurus dengan kecepatan reaksi.
• Jika sudah mencapai titik jenuhnya, maka konsentrasi substrat berbanding terbalik dengan kecepatan reaksi.
• Setiap enzim akan bekerja secara optimal pada pH dan temperatur tertentu. 
• Pada suhu yang tinggi enzin akan terdenaturasi(yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. 
• Tergantung pada jenis-jenis enzim, denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.,sedangkan pada suhu yang rendah enzim akan menghentikan aktivitasnya. 
• Enzim dapat diawetkan dengan cara menyimpannya pada suhu sekitar 00¬C atau kurang. 
• Keadaan yang optimum bagi aktivitas suatu enzim tidak berarti optimum untuk enzim-enzim lain atau bagi berfungsinya seluruh sel.

Penghambat Kerja Enzim

• Aktivitas suatu enzim dapat dihambat oleh zat-zat kimiawi melalui berbagai cara.
• Hambatan enzim dapat dikelompokkan ke dalam tipe non-reversible(tidak dapat balik),reversible(dapat balik).
• Hambatan non-reversible biasanya menyangkut modifikasi atau menjadi tidak aktifnya satu atau lebih gugusan fungsional enzim tersebut.

Ada 2 tipe hambatan reversible,yaitu kompetitif dan nonkompetitif.

1. Hambatan kompetitif dapat balik dengan cara menambah konsentrasi substrat
2. Hambatan nonkompetitif tidak bersaingdengan substrat untuk menempati situs aktif pada permukaan enzim.

 

Inhibitor kompetitif

Menghambat kerja enzim dengan menempati sisi aktif enzim.

Inhibitor ini besaing dengan substrat untuk berikatan dengan sisi aktif enzim. Pengambatan bersifat reversibel (dapat kembali seperti semula) dan dapat dihilangkan dengan menambah konsentrasi

substrat.

Inhibitor kompetitif misalnya malonat dan oksalosuksinat, yang bersaing dengan substrat untuk berikatan dengan enzim suksinat dehidrogenase, yaitu enzim yang bekerja pada substrat oseli

suksinat.

Inhibitor nonkompetitif

Inhibitor ini biasanya berupa senyawa kimia yang tidak mirip dengan substrat dan berikatan pada sisi selain sisi aktif enzim. Ikatan ini menyebabkan perubahan bentuk enzimsehingga sisi aktif enzim tidak sesuai lagi dengan substratnya. Contohnya antibiotik penisilin menghambat kerja enzim penyusun dinding sel bakteri. Inhibitor ini bersifat reversible tetapi tidak dapat dihilangkan denganmenambahkan konsentrasi substrat

  

Berdasarkan ada tidaknya substrat dan pembentukan enzim,maka enzim dapat dibagi dalam 2 kelompok:

1. Enzim-enzim konstitutif : enzim-enzim ini selalu dihasilkan oleh sel. Contohnya adalah beberapa enzim pada proses glikolisis
2. Enzim-enzim adaptif (terinduksi) : enzim ini dihasilkan oleh sel hanya sebagai tanggapan terhadap adanya substrat tertentu. Proses ini disebut induksi enzim dan substratnya yang menyebabkan pembentukan enzim tersebut ialah induser. Contoh enzimnya adalah B-galaktosidase.

Penetapan Aktivitas Enzim
Aktifitas enzim dapat ditentukan melalui berbagai teknik.

Untuk menguji aktivitas enzim secara kuantitatif perlu diketahui hal-hal berikut ini;

1. Sifat reaksi yang dikatalis
2. Kofaktor dan koenzim yang dibutuhkan
3. Konsentrasi baik substrat maupun kofaktor ataupun koenzim
4.  pH optimum
5. Suhu optimum
6. Metode analitik sederhana

• Konsentrasi substrat harus diatas taraf jenuh sehingga laju awal reaksi sebanding dengan konsentrasi enzim. 
• Koenzim dan kofaktor juga harus ditanbahkan dalam jumlah yang berlebih,sehinggga dengan demikian faktor pembatas yang sejati ialah konsentrasi enzim.
• Pada umumnya,pengukuran pembentukan produk reaksi lebih tepat daripada pengukuran lenyapnya substrat.

Sifat dan Mekanisme Pengendalian Enzim

• Enzim bekerja secara serentak dan terkoordinasi sehingga semua kegiatan kimiawi dalam sel menjadi saling terpadu.
• Salah satu akibatnya yaang jelas adalah sel hidup membutuhkan dan menguraikan bahan-bahanyang dibutuhkan bagi metabolisme dan pertumbuhan normal.
• Hal ini mengisyaratkan adanya mekanisme pengendalian metolisme selular yang tepat yang pada akhirnya menyangkut pengendalian kegiatan enzim.

Aktivitas enzim dapat diatur melalui 2 cara :

1. pengendalian katalis secara langsung
2. pengendalian genetik.

Pengendalian langsung mekanisme katalitik itu sendiri

• Terjadi dengan mengubah konsentrasi substrat atau reaktan. Artinya,bila konsentrasi substrat bertambah,maka laju reaksi meningkat sampai tercapai suatu nilai pembatas.
• Dan bila produk menumpuk,laju reaksi menurun.
• Pangendalian langsung melalui penggandengan dengan proses-proses lain

·         Maksudnya adalah pengaturan oleh ligan (molekul yang dapat treikat pada enzim)yang tidak ikut berperan dalam proses katalitik itu sendiri.

Ada berbagai macam pengendalian seperti itu,diantaranya

1. Hambatan arus balik,ligan pengaturnya adalah produk akhir suatu lintasan metabolik yang dapat menghentikan sintesisnya sendiri dengan cara menghambat aktivitas salah satu enzim pada awal lintasan biosintetiknya.
2. Aktivasi prekursor,ligan pengaturnya merupakan prekursor pertama suatu lintasan.
3. Pengendalian yang berkaitan dengan energi,ligan pengaturnya adalah reaksi-reaksi yang berkaitan dengan energi .
4. Sifat-sifat pengikatan enzim pengatur,tidak semua enzim merupakan enzim pengatur yang aktivitasnya dapat dikendalikan secara langsung. Enzim tersebut dapat dipengaruhi oleh metabolit pengatur. Enzim pengatur disebut enzim alosterik. Enzim yang berperan pada waktu sel beradaptasi pada lingkungan yang berubah dalah induksi dan represi enzim.

Pengendalian genetis : induksi dan represi enzim

• Untuk terjadinya sintesis enzim dinutuhkan suatu induser, yaitu substansi berberat molekul rendah dan bisa berupa substrat atau senyawa dari reaksi yang dikatalis oleh enzim yang bersangkuatan,prosesnya disebut induksi.
• Bila substansi berberat molekul rendah baik produk ataupun senyawa yang sekerabat bagi reaksi yang bersangkutan,berlaku sebagai kopressor dengan cara mencegah sintesis enzim tersebut,disebut represi.

KAMUS BIOLOGI ORIGINAL

A

abiotic nonliving

abrade to wear away through contact

abrasive tending to wear away through contact

abscission dropping off or separating

accession a plant that has been acquired and catalogued

achene a small, dry, thin-walled type of fruit

actinomycetes common name for a group of Gram-positive bacteria that

are filamentous and superficially similar to fungi

addictive capable of causing addiction or chemical dependence

adhesion sticking to the surface of

adventitious arising from secondary buds, or arising in an unusual position

aeration the introduction of air

albuminous gelatinous, or composed of the protein albumin

alkali chemically basic; the opposite of acidic

alkalinization increase in basicity or reduction in acidity

alkaloid bitter secondary plant compound, often used for defense

allele one form of a gene

allelopathy harmful action by one plant against another

allopolyploidy a polyploid organism formed by hybridization between twodifferent species or varieties (allo= other)

alluvial plain broad  area  formed  by  the  deposit  of  river  sediment  at  its outlet

amended soils soils to which fertilizers or other growth aids have been added

amendment additive

anaerobic without oxygen

analgesic pain-relieving

analog a structure or thing, especially a chemical, similar to something else

angiosperm a flowering plant

anomalous unusual or out of place

anoxic without oxygen

antenna system a  collection  of  protein  complexes  that  harvests  lightenergy and converts it to excitation energy that can migrate to a reactioncenter;  the  light  is  absorbed  by  pigment  molecules  (e.g.,  chlorophyll, carotenoids, phycobilin) that are attached to the protein

anthropogenic human-made; related to or produced by the influence of humans on nature

antibodies proteins produced to fight infection

antioxidant a substance that prevents damage from oxygen or other reactive substances

apical meristem region of dividing cells at the tips of growing plants

apical at the tip

apomixis asexual reproduction that may mimic sexual reproduction

appendages parts that are attached to a central stalk or axis

arable able to be cultivated for crops

Arcto-Tertiary geoflora the fossil flora discovered in Arctic areas dating back to the Tertiary period; this group contains magnolias (Magnolia), tulip trees (Liriodendron), maples (Acer), beech (Fagus), black gum (Nyssa), sweet gum  (Liquidambar),  dawn  redwood  (Metasequoia),  cypress  (Taxodium),  and many other species

artifacts pots, tools, or other cultural objects

assayer one who performs chemical tests to determine the composition of a substance

ATP adenosine triphosphate, a small, water-soluble molecule that acts as an energy currency in cells

attractant something that attracts

autotroph “self-feeder”; any organism that uses sunlight or chemical energy

auxin a plant hormone

avian related to birds

axil the angle or crotch where a leaf stalk meets the stem

axillary bud the bud that forms in the angle between the stem and leaf

B

basipetal toward the base

belladonna the  source  of  atropine;  means  “beautiful  woman,”  and  is  so named because dilated pupils were thought to enhance a woman’s beauty

binomial two-part

biodirected assays tests that examine some biological property

biodiversity degree of variety of life

biogeography the study of the reasons for the geographic distribution of organisms

biomass the total dry weight of an organism or group of organisms

biosphere the region of the Earth in which life exists

biosynthesis creation through biological pathways

biota the sum total of living organisms in a region of a given size

biotic involving or related to life

bryologist someone  who  studies  bryophytes,  a  division  of  nonflowering plants

C

campanulate bell-shaped

capitulum the head of a compound flower, such as a dandelion

cardiotonic changing the contraction properties of the heart

carotenoid a yellow-colored molecule made by plants

carpels the  innermost  whorl  of  flower  parts,  including  the  egg-bearing ovules, plus the style and stigma attached to the ovules

catastrophism the  geologic  doctrine  that  sudden,  violent  changes  mark the geologic history of Earth

cation positively charged particle

catkin a flowering structure used for wind pollination

centrifugation spinning at high speed in a centrifuge to separate components

chitin a  cellulose-like  molecule  found  in  the  cell  wall  of  many  fungi  and arthropods

chloroplast the photosynthetic organelle of plants and algae

circadian “about a day”; related to a day

circumscription the definition of the boundaries surrounding an object or an idea

cisterna a fluid-containing sac or space

clade a group of organisms composed of an ancestor and all of its descendants

cladode a modified stem having the appearance and function of a leaf

coalescing roots roots that grow together

coleoptile the growing tip of a monocot seedling

collenchyma one of three cell types in ground tissue

colonize to inhabit a new area

colony a group of organisms inhabiting a particular area, especially organisms descended from a common ancestor

commensalism a  symbiotic  association  in  which  one  organism  benefits while the other is unaffected

commodities goods that are traded, especially agricultural goods

community a group of organisms of different species living in a region

compaction compacting of soil, leading to the loss of air spaces

complex hybrid hybridized plant having more than two parent plants

compound a substance formed from two or more elements

concentration gradient a difference in concentration between two areas

continental drift the movement of continental land masses due to plate tectonics

contractile capable of contracting

convective uplift the movement of air upwards due to heating from the sun

coppice growth the growth of many stems from a single trunk or root, following the removal of the main stem

cortical relating to the cortex of a plant

covalent held together by electron-sharing bonds

crassulacean acid metabolism water-conserving strategy used by several types of plants

crop rotation alternating crops from year to year in a particular field

cultivation growth of plants, or turning the soil for growth of crop plants

crystallography the use of x-rays on crystals to determine molecular structure

cuticle the waxy outer coating of a leaf or other structure, which provides protection against predators, infection, and water loss

cyanide heap leach gold mining a  technique  used  to  extract  gold  by treating ore with cyanide

cyanobacteria photosynthetic  prokaryotic  bacteria  formerly  known  as blue-green algae

cyanogenic giving rise to cyanide

cytologist a scientist who studies cells

cytology the microscopic study of cells and cell structure

cytosol the fluid portion of a cell

cytostatic inhibiting cell division

D

deductive reasoning from facts to conclusion

dendrochronologist a scientist who uses tree rings to determine climate or other features of the past

dermatophytes fungi that cause skin diseases

desertification degradation of dry lands, reducing productivity

desiccation drying out

detritus material from decaying organisms

diatoms hard-shelled, single-celled marine organisms; a type of algae

dictyosome any one of the membranous or vesicular structures making up the Golgi apparatus

dioicous having male and female sexual parts on different plants

diploid having two sets of chromosomes, versus having one set (haploid)

dissipate to reduce by spreading out or scattering

distal further away from

diurnal daily, or by day

domestication the  taming  of  an  organism  to  live  with  and  be  of  use  to humans

dormant inactive, not growing

drupe a fruit with a leathery or stone-like seed

dynamical system theory the  mathematical  theory  of  change  within  a system

E

ecophysiological related to how an organism’s physiology affects its function in an ecosystem

ecosystem an ecological community and its environment

elater an elongated, thickened filament

empirical formula the simplest whole number ratio of atoms in a compound

emulsifier a chemical used to suspend oils in water

encroachment moving in on

endemic belonging or native to a particular area or country

endophyte a fungus that lives within a plant

endoplasmic reticulum the membrane network inside a cell

endosperm the nutritive tissue in a seed, formed by the fertilization of a

diploid egg tissue by a sperm from pollen

endosporic the formation of a gametophyte inside the spore wall

endosymbiosis a symbiosis in which one organism lives inside the other

Enlightenment eighteenth-century  philosophical  movement  stressing rational critique of previously accepted doctrines in all areas of thought

entomologist a scientist who studies insects

enzyme a protein that controls a reaction in a cell

ephemeral short-lived

epicuticle the waxy outer covering of a plant, produced by the epidermis

epidermis outer layer of cells

epiphytes plants that grow on other plants

escarpment a steep slope or cliff resulting from erosion

ethnobotanist a scientist who interacts with native peoples to learn more about the plants of a region

ethnobotany the study of traditional uses of plants within a culture

euglossine bees a  group  of  bees  that  pollinate  orchids  and  other  rainforest plants

eukaryotic a  cell  with  a  nucleus  (eu means  “true”  and karyo means “nucleus”); includes protists, plants, animals, and fungi

extrafloral outside the flower

exudation the release of a liquid substance; oozing

F


facultative capable of but not obligated to

fertigation application of small amounts of fertilizer while irrigating

filament a threadlike extension

filamentous thin and long

flagella threadlike extension of the cell membrane, used for movement

flavonoids aromatic compounds occurring in both seeds and young roots and involved in host-pathogen and host-symbiont interactions

florigen a substance that promotes flowering

floristic related to plants

follicle sac or pouch

forbs broad-leaved, herbaceous plants

free radicals toxic molecular fragments

frugivous feeding on fruits

G

gametangia structure where gametes are formed

gametophyte the haploid organism in the life cycle

gel electrophoresis a technique for separating molecules based on size and electrical charge

genera plural of genus; a taxonomic level above species

genome the genetic material of an organism

genotype the genetic makeup of an organism

germplasm hereditary material, especially stored seed or other embryonic forms

globose rounded and swollen; globe-shaped

gradient difference in concentration between two places

green manure crop planted to be plowed under to nourish the soil, especially with nitrogen

gymnosperm a major group of plants that includes the conifers

gynoecium the female reproductive organs as a whole

gypsipherous containing the mineral gypsum

H

hallucinogenic capable of inducing hallucinations

haploid having one set of chromosomes, versus having two (diploid)

haustorial related to a haustorium, or food-absorbing organ

hemiterpene a half terpene

herbivore an organism that feeds on plant parts

heterocyclic a chemical ring structure composed of more than one type of atom, for instance carbon and nitrogen

heterosporous bearing spores of two types, large megaspores and small microspores

heterostylous having styles (female flower parts) of different lengths, ton aid cross-pollination

heterotroph an  organism  that  derives  its  energy  from  consuming  other organisms or their body parts

holistic including all the parts or factors that relate to an object or idea

homeotic relating  to  or  being  a  gene  that  produces  a  shift  in  structural  development

homology a similarity in structure between anatomical parts due to descent from a common ancestor

humus the organic material in soil formed from decaying organisms

hybrid a mix of two varieties or species

hybridization formation  of  a  new  individual  from  parents  of  different species or varieties

hydrological cycle the movement of water through the biosphere

hydrophobic water repellent

hydroponic growing without soil, in a watery medium

hydroxyl the chemical group -OH

hyphae the threadlike body mass of a fungus illicit illegal

I


impede to slow down or inhibit

inert incapable of reaction

inflorescence a  group  of  flowers  or  arrangement  of  flowers  in  a  flower head

infrastructure roads, phone lines, and other utilities that allow commerce

insectivorous insect-eating

intercalary inserted; between

interspecific hybridization hybridization between two species

intertidal between the lines of high and low tide

intracellular bacteria bacteria that live inside other cells

intraspecific taxa levels of classification below the species level

intuiting using intuition

ionic present as a charged particle

ions charged particles

irreversible unable to be reversed

J

juxtaposition contrast brought on by close positioning lacerate cut

K

Lamarckian inheritance the hypothesis that acquired characteristics can be inherited

lamellae thin layers or plate-like structure

L

land-grant university a state university given land by the federal government on the condition that it offer courses in agriculture

landrace a variety of a cultivated plant, occurring in a particular region

lateral to the side of

legume beans and other members of the Fabaceae family

lignified composed of lignin, a tough and resistant plant compound

lineage ancestry; the line of evolutionary descent of an organism

loci (singular: locus) sites or locations

lodging falling over while still growing

lytic breaking apart by the action of enzymes

M

macromolecule a  large  molecule  such  as  a  protein,  fat,  nucleic  acid,  or carbohydrate

macroscopic large, visible

medulla middle part

megaphylls large  leaves  having  many  veins  or  a  highly  branched  vein system

meiosis the division of chromosomes in which the resulting cells have half the original number of chromosomes

meristem the growing tip of a plant

mesic of medium wetness

microfibrils microscopic fibers in a cell

micron one millionth of a meter; also called micrometer

microphylls small leaves having a single unbranched vein

mitigation reduction of amount or effect

mitochondria cell organelles that produce adenosine triphosphate (ATP) to power cell reactions

mitosis the part of the cell cycle in which chromosomes are separated to give each daughter cell an identical chromosome set

molecular systematics the analysis of DNA and other molecules to determine evolutionary relationships

monoculture a large stand of a single crop species

monomer a single unit of a multi-unit structure

monophyletic a group that includes an ancestral species and all its descendants

montane growing in a mountainous region

morphology shape and form

motile capable of movement

mucilaginous sticky or gummy

murein a peptidoglycan, a molecule made up of sugar derivatives and amino

acids

mutualism a symbiosis between two organisms in which both benefit

mycelium the vegetative body of a fungus, made up of threadlike hyphae

N


NADP+ oxidized form of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate

NADPH reduced  form  of  nicotinamide  adenine  dinucleotide  phosphate,  a

small, water-soluble molecule that acts as a hydrogen carrier in biochemical reactions

nanometer one billionth of a meter

nectaries organs in flowers that secrete nectar

negative feedback a process by which an increase in some variable causes

a response that leads to a decrease in that variable

neuromuscular junction the place on the muscle surface where the muscle

receives stimulus from the nervous system

neurotransmitter a chemical that passes messages between nerve cells

node branching site on a stem

nomenclature a naming system

nonmotile not moving

nonpolar not directed along the root-shoot axis, or not marked by separation of charge (unlike water and other polar substances)

nonsecretory not involved in secretion, or the release of materials

Northern Blot a  technique  for  separating  RNA  molecules  by  electrophoresis and then identifying a target fragment with a DNA probe

nucleolar related to the nucleolus, a distinct region in the nucleus

nurseryman a worker in a plant nursery

O

obligate required, without another option

obligate parasite a parasite without a free-living stage in the life cycle

odorant a molecule with an odor

organelle a membrane-bound structure within a cell

osmosis the movement of water across a membrane to a region of high solute concentration

oviposition egg-laying

oxidation reaction with oxygen, or loss of electrons in a chemical reaction

P


paleobotany the study of ancient plants and plant communities

pangenesis the belief that acquired traits can be inherited by bodily influences on the reproductive cells

panicle a type of inflorescence (flower cluster) that is loosely packed and

irregularly branched

paraphyletic group a taxonomic group that excludes one or more descendants of a common ancestor

parenchyma one of three types of cells found in ground tissue

pastoralists farming people who keep animal flocks

pathogen disease-causing organism

pedicel a plant stalk that supports a fruiting or spore-bearing organ

pentamerous composed of five parts

percolate to move through, as a fluid through a solid

peribacteroid a membrane surrounding individual or groups of rhizobia

bacteria within the root cells of their host; in such situations the bacteria

have  frequently  undergone  some  change  in  surface  chemistry  and  are

referred to as bacteroids

pericycle cell layer between the conducting tissue and the endodermis

permeability the property of being permeable, or open to the passage of

other substances

petiole the stalk of a leaf, by which it attaches to the stem

pH a measure of acidity or alkalinity; the pH scale ranges from 0 to 14, with 7 being neutral. Low pH numbers indicate high acidity while high numbers indicate alkalinity

pharmacognosy the study of drugs derived from natural products

pharmacopeia a group of medicines

phenology seasonal or other time-related aspects of an organism’s life

pheromone a chemical released by one organism to influence the behavior of another

photooxidize to react with oxygen under the influence of sunlight

photoperiod the period in which an organism is exposed to light or is sensitive to light exposure, causing flowering or other light-sensitive changes

photoprotectant molecules that protect against damage by sunlight

phylogenetic related  to  phylogeny,  the  evolutionary  development  of  a species

physiology the biochemical processes carried out by an organism

phytogeographer a scientist who studies the distribution of plants

pigments colored molecules

pistil the female reproductive organ of a flower

plasmodesmata cell-cell junctions that allow passage of small molecules between cells

polyculture mixed species

polyhedral in the form of a polyhedron, a solid whose sides are polygons

polymer a large molecule made from many similar parts

polynomial “many-named”; a name composed of several individual parts

polyploidy having multiple sets of chromosomes

polysaccharide a linked chain of many sugar molecules

population a group of organisms of a single species that exist in the same

region and interbreed

porosity openness

positive feedback a process by which an increase in some variable causes a response that leads to a further increase in that variable

precipitation rainfall; or the process of a substance separating from a solution

pre-Columbian before Columbus

precursor a substance from which another is made

predation the act of preying upon; consuming for food

primordial primitive or early

progenitor parent or ancestor

prokaryotes single-celled organisms without nuclei, including Eubacteria and Archaea

propagate to create more of through sexual or asexual reproduction

protist a usually single-celled organism with a cell nucleus, of the kingdom Protista

protoplasmic related to the protoplasm, cell material within the cell wall

protoplast the portion of a cell within the cell wall

psychoactive causing an effect on the brain

pubescence covered with short hairs

pyruvic acid a three-carbon compound that forms an important intermediate in many cellular processes

quadruple hybrid hybridized plant with four parents

quantitative numerical, especially as derived from measurement quid a wad for chewing

quinone chemical compound found in plants, often used in making dyes

radii distance across, especially across a circle (singular = radius)

radioisotopes radioactive forms of an element

rambling habit growing without obvious intended direction

reaction center a protein complex that uses light energy to create a stable

charge separation by transferring a single electron energetically uphill from

a donor molecule to an acceptor molecule, both of which are located in the reaction center

R

redox oxidation and reduction

regurgitant material brought up from the stomach

Renaissance a period of artistic and intellectual expansion in Europe from

the fourteenth to the sixteenth century

S

salinization increase in salt content

samara a winged seed

saprophytes plants that feed on decaying parts of other plants

saturated containing as much dissolved substance as possible

sclerenchyma one of three cell types in ground tissue

sedimentation deposit of mud, sand, shell, or other material

semidwarf a  variety  that  is  intermediate  in  size  between  dwarf  and  fullsize varieties

senescent aging or dying

sepals the outermost whorl of flower parts; usually green and leaf-like, theyprotect the inner parts of the flower

sequester to remove from circulation; lock up

serology the study of serum, the liquid, noncellular portion of blood

seta a stiff hair or bristle

silage livestock food produced by fermentation in a silo

siliceous composed of silica, a mineral

silicified composed of silicate minerals

soil horizon distinct layers of soil

solute a substance dissolved in a solution

Southern blot a  technique  for  separating  DNA  fragments  by  electrophoresis and then identifying a target fragment with a DNA probe

spasticity abnormal muscle activity caused by damage to the nerve pathways controlling movement

speciation the creation of new species

specimen an object or organism under consideration

speciose marked by many species

sporophyte the diploid, spore-producing individual in the plant life cycle

sporulate to produce or release spores

sterile not capable or involved in reproduction, or unable to support life

sterols chemicals related to steroid hormones

stolons underground stems that may sprout and form new individuals

stomata openings between guard cells on the underside of leaves that allow gas exchange

stratification layering, or separation in space

stratigraphic geology the study of rock layers

stratigraphy the analysis of strata (layered rock)

strobili cone-like reproductive structures

subalpine a region less cold or elevated than alpine (mountaintop)

substrate the physical structure to which an organism attaches, or a molecule acted on by enzymes

succession the pattern of changes in plant species that occurs after a soil disturbance

succulent fleshy, moist

suckers naturally occuring adventitious shoots

suffrutescent a shrub-like plant with a woody base

sulfate a negatively charged particle combining sulfur and oxygen

surfaced smoothed for examination

susceptibility vulnerability

suture line of attachment

swidden agriculture the practice of farming an area until the soil has been

depleted and then moving on

symbiont one member of a symbiotic association

symbiosis a  relationship  between  organisms  of  two  different  species  in which at least one benefits

systematists scientists who study systematics, the classification of species

to reflect evolutionary relationships

systemic spread throughout the plant

T


tannins compounds produced by plants that usually serve protective functions, often colored and used for “tanning” and dyeing

taxa a type of organism, or a level of classification of organisms

tensile forces forces  causing  tension,  or  pulling  apart;  the  opposite  of compression

tepal an undifferentiated sepal or petal

Tertiary period geologic period from sixty-five to five million years ago

tetraploid having four sets of chromosomes; a form of polyploidy

thallus simple, flattened, nonleafy plant body

tilth soil structure characterized by open air spaces and high water storage

capacity due to high levels of organic matter

tonoplast the membrane of the vacuole

topographic related to the shape or contours of the land

totipotent capable of forming entire plants from individual cells

toxin a poisonous substance

tracheid a type of xylem cell that conducts water from root to shoot

transcription factors proteins that bind to a specific DNA sequence called

the promoter to regulate the expression of a nearby gene

translocate to move materials from one region to another

translucent allowing the passage of light

transmutation to change from one form to another

transpiration movement of water from soil to atmosphere through a plant

transverse across, or side to side

tribe a group of closely related genera

trophic related to feeding

turgor pressure the outward pressure exerted on the cell wall by the fluid within

twining twisting around while climbing

 
ultrastructural the level of structure visible with the electron microscope; very small details of structure

uniformitarian the geologic doctrine that formative processes on earth have

proceeded at the same rate through time since earth’s beginning

uplift raising  up  of  rock  layers,  a  geologic  process  caused  by  plate tectonics

urbanization increase in size or number of cities

vacuole the large fluid-filled sac that occupies most of the space in a plant

cell. Used for storage and maintaining internal pressure

vascular plants plants with specialized transport cells; plants other than bryophytes

vascular related to the transport of nutrients, or related to blood vessels

vector a carrier, usually one that is not affected by the thing carried

vernal related to the spring season

vesicle a membrane-bound cell structure with specialized contents

viable able to live or to function

volatile easily released as a gas

volatilization the release of a gaseous substance

water table the level of water in the soil whorl a ring

wort an  old  English  term  for  plant;  also  an  intermediate  liquid  in  beer making

xenobiotics biomolecules from outside the plant, especially molecules that

are potentially harmful

x

xeromorphic a form adapted for dry conditions

xerophytes plants adapted for growth in dry areas

zonation division into zones having different properties

zoospore a swimming spore

zygote the egg immediately after it has been fertilized; the one-cell stage of a new individual